You can place a .01 alpha background clip behind your animation, then Flash CS6 will detect that as the bounds and export the image to that size, while not affecting the visuals your exporting.
Look:

Dal momento che Flash CS6 quando esporta uno sprite sheet tende sempre ad ottimizzare il risultato, abbiamo che se il nostro movieclip cambia di dimensioni da un frame ad un altro, il risultato sarà uno sheet con le dimensioni in altezza variabili per ogni riga dello sheet.

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