Puoi evitare che Flex Builder copi dei files extra dal src a bin-debug o bin-release seguendo i passi:

1. Sul pannello dei progetti seleziona quello di interesse
2. premi col tasto destro del mouse e seleziona “proprietà”
3. scegli “Flex compiler”
4. nelle opzioni di destra togli la spunta al campo ” Copy non-embedded files to output folder”
5. premi OK

Se vuoi includere qualche files e non altri, allora puoi usare custom Ant build script e copiare i limitati files che vuoi includere.
Per maggiore dettagli segui il link qui